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Nadia Magnenat-Thalmann a suivi la majorité de ses études à l'Université de Genève où elle a obtenu une licence en psychologie, en biologie ainsi qu'un diplôme en biochime . En 1975, elle s'est vu décerner un diplôme postgrade en mathématiques et en informatique à l'EPFL. Elle a terminé son doctorat en 1977, à la Faculté des sciences de l'Université de Genève, par un travail sur les méthodes de résolution de l'équation de Schrödinger.