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En 1997, Ellis commença sa série en creator-owned, Transmetropolitan - histoire d’un acerbe journaliste "gonzo" dans des États-Unis futuristes – avec le dessinateur Darick Robertson sous le label Helix de DC. Quand Helix cessa d’exister, l’année suivante, Transmetropolitan fut transféré dans le label Vertigo et devint l’un des comics sans super-héros publié par DC ayant le plus de succès. La série dura 60 épisodes (plus quelques spéciaux), s’arrêtant en 2002, une fois que l'auteur n'eut plus rien à y raconter.